1941-ci ildən Heydər Əliyev Naxçıvan MSSR Xalq Daxili İşlər Komissarlığında və Naxçıvan MSSR Xalq Komissarları Sovetində şöbə müdiri vəzifəsində işləmiş və 1944-cü ildə dövlət təhlükəsizliyi orqanlarında işə göndərilmişdir. Bu dövrdən təhlükəsizlik orqanları sistemində çalışan Heydər Əliyev 1964-cü ildən Azərbaycan SSR Nazirlər Soveti yanında Dövlət Təhlükəsizliyi Komitəsi sədrinin müavini, 1967-ci ildən isə sədri vəzifəsində işləmiş, general-mayor rütbəsinə qədər yüksəlmişdir. Həmin illərdə o, Leninqrad şəhərində (indiki Sankt-Peterburq) xüsusi ali təhsil almış, 1957-ci ildə isə Azərbaycan Dövlət Universitetinin tarix fakültəsini bitirmişdir.
Azərbaycan Kommunist Partiyası Mərkəzi Komitəsinin 1969-cu il iyul plenumunda Heydər Əliyev Azərbaycan Kommunist Partiyası Mərkəzi Komitəsinin birinci katibi seçilərək respublikanın rəhbəri olmuşdur. 1982-ci ilin dekabrında Sovet İttifaqı Kommunist Partiyası Mərkəzi Komitəsi Siyasi Bürosunun üzvü seçilən Heydər Əliyev SSRİ Nazirlər Soveti sədrinin birinci müavini vəzifəsinə təyin edilmiş və SSRİ-nin rəhbərlərindən biri olmuşdur. Heydər Əliyev iyirmi il ərzində SSRİ Ali Sovetinin deputatı, beş il isə SSRİ Ali Soveti sədrinin müavini olmuşdur.
Heydər Əliyev 1987-ci ilin oktyabrında Sovet İttifaqı Kommunist Partiyası Mərkəzi Komitəsi Siyasi Bürosunun və şəxsən Baş katib Mixail Qorbaçovun yeritdiyi siyasi xəttə etiraz əlaməti olaraq, tutduğu vəzifələrdən istefa vermişdir.
Heydər Əliyev 1990-cı ilin 20 yanvarında sovet qoşunlarının Bakıda törətdiyi qanlı faciə ilə əlaqədar ertəsi gün Azərbaycanın Moskvadakı nümayəndəliyində bəyanatla çıxış edərək, Azərbaycan xalqına qarşı törədilmiş cinayətin təşkilatçıları və icraçılarının cəzalandırılmasını tələb etmişdir. O, Dağlıq Qarabağda yaranmış kəskin münaqişəli vəziyyətlə bağlı SSRİ rəhbərliyinin ikiüzlü siyasətinə etiraz əlaməti olaraq, 1991-ci ilin iyulunda Sovet İttifaqı Kommunist Partiyasının sıralarını tərk etmişdir.
1990-cı ilin iyulunda Azərbaycana qayıdan Heydər Əliyev ilk əvvəl Bakıda, sonra isə Naxçıvanda yaşamış, həmin ildə də Azərbaycan Ali Sovetinə deputat seçilmişdir. O, 1991-1993-cü illərdə Naxçıvan Muxtar Respublikası Ali Məclisinin sədri, Azərbaycan Respublikası Ali Soveti sədrinin müavini olmuşdur. Heydər Əliyev 1992-ci ildə Yeni Azərbaycan Partiyasının Naxçıvan şəhərində keçirilmiş təsis qurultayında partiyanın sədri seçilmişdir.
1993-cü ilin may-iyununda hökumət böhranının son dərəcə kəskinləşməsi ilə ölkədə vətəndaş müharibəsinin baş verməsi və müstəqilliyin itirilməsi təhlükəsi yarandıqda Azərbaycan xalqı Heydər Əliyevin hakimiyyətə gətirilməsi tələbi ilə ayağa qalxdı. Azərbaycanın o zamankı rəhbərləri Heydər Əliyevi rəsmən Bakıya dəvət etməyə məcbur oldular. Heydər Əliyev 1993-cü il iyunun 15-də Azərbaycan Ali Sovetinin sədri seçildi, iyulun 24-də isə Milli Məclisin qərarı ilə Azərbaycan Respublikası Prezidentinin səlahiyyətlərini həyata keçirməyə başladı.
1993-cü il oktyabrın 3-də ümumxalq səsverməsi nəticəsində Heydər Əliyev Azərbaycan Respublikasının Prezidenti seçildi. O, 1998-ci il oktyabrın 11-də xalqın yüksək fəallığı şəraitində keçirilən seçkilərdə səslərin 76,1 faizini toplayaraq, yenidən Azərbaycan Respublikasının Prezidenti seçilmişdir. 2003-cü il oktyabrın 15-də keçirilən prezident seçkilərində namizədliyinin irəli sürülməsinə razılıq vermiş Heydər Əliyev səhhətində yaranmış problemlərlə əlaqədar seçkilərdə iştirak etməkdən imtina etmişdir.
Dekabrın 12-də Azərbaycanın ümummilli lideri, Prezident Heydər Əliyev Amerika Birləşmiş Ştatlarının Klivlend Klinikasında vəfat etmişdir.
Heydər Əliyev bir çox dövlət orden və medallara, beynəlxalq mükafatlara layiq görülmüş, müxtəlif ölkələrin universitetlərinin fəxri doktoru seçilmişdir.
Heydər Əliyev dörd dəfə Lenin ordeni, Qırmızı Ulduz ordeni və çoxlu medallarla təltif edilmiş, iki dəfə Sosialist Əməyi Qəhrəmanı adını almış, bir çox xarici dövlətlərin orden və medalları ilə təltif olunmuşdur.
27 mart 1997-si il - Kiyevdə Azərbaycanın dövlət başçısına Ukraynanın ali mükafatı "Yaroslav Mudrı" ordeni təqdim edilmişdir.
13 aprel 1999-cu il - Prezident Heydər Əliyev Türkiyənin ən nüfuzlu mükafatı - "Atatürk Sülh Mükafatına" layiq görülmüşdür.
20 yanvar 2001-ci il - Azərbaycan Respublikasının Prezidenti Heydər Əliyevə Moskva Dövlət Universitetinin "Fəxri professoru" adı verilmişdir.
3 aprel 2003-cü il - Azərbaycan Prezidenti Heydər Əliyev Rusiya Federasiyasının Təhlükəsizlik, Müdafiə və Hüquq Qaydası Problemləri Akademiyasının professoru və həqiqi üzvü seçilmiş, Y.V.Andropov adına mükafata layiq görülmüşdür.
10 may 2003-cü il - Rusiyanın yüksək mükafatı - Müqəddəs Apostol Andrey Pervozvannı ordeni ilə təltif olunması barədə Fərman imzalanmışdır.
С 1941 года Гейдар Алиев работал заведующим отделом в Народном комиссариате внутренних дел Нахчыванской АССР и Совете народных комиссаров Нахчыванской АССР, а в 1944 году был направлен на работу в органы государственной безопасности. Гейдар Алиев, работавший с этого периода в системе органов безопасности, с 1964 года занимал пост заместителя председателя, а с 1967 года - председателя Комитета Государственной Безопасности при Совете Министров Азербайджанской ССР, ему было присвоено звание генерал-майора. В эти годы он получил специальное высшее образование в Ленинграде (ныне Санкт-Петербург), а в 1957 году окончил исторический факультет Азербайджанского Государственного Университета.
Будучи избран на пленуме Центрального Комитета Коммунистической Партии Азербайджана в июле 1969 года первым секретарем Центрального Комитета Коммунистической Партии Азербайджана, Гейдар Алиев стал руководителем республики. В декабре 1982 года Гейдар Алиев был избран членом Политбюро Центрального Комитета Коммунистической Партии Советского Союза, назначен на пост первого заместителя председателя Совета Министров СССР и стал одним из руководителей СССР. В течение двадцати лет Гейдар Алиев был депутатом Верховного Совета СССР и пять лет занимал пост заместителя председателя Верховного Совета СССР.
В октябре 1987 года Гейдар Алиев в знак протеста против политики, проводимой Политбюро Центрального Комитета Коммунистической Партии Советского Союза и лично генеральным секретарем Михаилом Горбачевым, ушел в отставку с занимаемых должностей.
В связи с кровавой трагедией, учиненной 20 января 1990 года в Баку советскими войсками, Гейдар Алиев, выступив на следующий день в представительстве Азербайджана в Москве с заявлением, потребовал наказать организаторов и исполнителей преступления, совершенного против азербайджанского народа. В знак протеста против двуличной политики руководства СССР в связи с возникшей в Нагорном Карабахе острой конфликтной ситуацией, он в июле 1991 года покинул ряды Коммунистической Партии Советского Союза.
Возвратившись в июле 1990 года в Азербайджан, Гейдар Алиев жил сначала в Баку, а затем в Нахчыване, в том же году был избран депутатом Верховного Совета Азербайджана. В 1991-1993 годах он занимал пост председателя Верховного Меджлиса Нахчыванской Автономной Республики, заместителя председателя Верховного Совета Азербайджанской Республики. На проведенном в 1992 году в городе Нахчыван учредительном съезде партии "Ени Азербайджан" Гейдар Алиев был избран председателем партии.
Когда в мае-июне 1993 года в результате крайнего обострения правительственного кризиса в стране возникла угроза гражданской войны и утраты независимости, азербайджанский народ выступил с требованием привести к власти Гейдара Алиева. Тогдашние руководители Азербайджана вынуждены были официально пригласить Гейдара Алиева в Баку. 15 июня 1993 года Гейдар Алиев был избран председателем Верховного Совета Азербайджана, а 24 июля - постановлением Милли Меджлиса стал осуществлять полномочия Президента Азербайджанской Республики.
3 октября 1993 года в результате всенародного голосования Гейдар Алиев был избран Президентом Азербайджанской Республики. 11 октября 1998 года, набрав на выборах, проведенных в условиях высокой активности народа, 76,1 процента голосов, он вновь был избран Президентом Азербайджанской Республики. Гейдар Алиев, давший согласие на выдвижение своей кандидатуры на проводимых 15 октября 2003 года президентских выборах, отказался от участия в выборах в связи с проблемами со здоровьем.
12 декабря, общенациональный лидер Азербайджана, Президент Гейдар Алиев скончался в Кливлендской клинике Соединенных Штатов Америки.
Гейдар Алиев был удостоен многочисленных государственных орденов и медалей, международных наград, был избран почетным доктором университетов различных стран.
Гейдар Алиев был четырежды удостоен Ленинского ордена, орденом Красной Звезды, награжден многочисленными медалями, дважды получил звание Героя Социалистического Труда, награжден многочисленными орденами и медалями различных зарубежных государств.
27 марта 1997 г. в Киеве главе азербайджанского государства вручили высшую награду Украины, орден "Ярослава Мудрого".
13 апреля 1999 г. Президент Гейдар Алиев был удостоен наивысшей награды Турции, - "Премии Ататюрка во имя Мира".
20 января 2001 г. Президент Азербайджанской Республики Гейдар Алиев был удостоен звания "Почетного профессора" Московского Государственного Университета.
3 апреля 2003 г. Президент Азербайджана Гейдар Алиев был избран профессором и полномочным членом Академии Безопасности, Обороны и Проблем Правовых Норм Российсокй Федерации, был удостоен премии Ю.В.Андропова.
10 мая 2003 г. был подписан Указ о присвоении наивысшей награды России, ордена Святого Апостола Андрея Первозванного.